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转录组测序信息分析 2018 升级版 三大产品, 焕然一新,与众不同

真核无参转录组测序,真核有参转录组测序和 RNA-Seq(定量),三大产品信息分析 2018 年全新升级版,给您与众不同的分析结果,助科研之路更多新发现。

数据库最全面,国内仅有

13 大功能注释数据库最新版一网尽收:国内唯一官方授权的 KEGG 数据库;新增组装评价 BUSCO 数据库;转录因子预测囊括人动植物数据库;更有真菌致病、植物抗病基因预测数据库

分析内容独特最热点

5 大特色关系网络图,发现基因间相互作用的脉络和核心基因;8 项共表达分析热点,模块与样品相关性总览图和各模块单独的网络图及功能注释,与 Science 新文[1] 不谋而合

软件升级最新版

组装软件 Trinity 升级最新版;差异剪接基因检测软件 rMATS 升级最新版等

结题报告简明颜值高

SNP 类型、差异可变剪接数目堆积图展示简单明了;差异表达量热图配色更美

升级内容展示:

 一、数据库版本“全“”新”升级——囊括 13 大数据库,更有国内唯一授权 KEGG

我们不仅有全面型的权威数据库,KEGG、GO、Nt、Nr 等,还有专门领域的数据库,动植物转录组因子、植物抗病、真菌致病数据库等。

新,我们全部都升级到最新版本数据库,收录了更多的物种、基因注释、功能层次、互作关系,修正旧版本的错误。

我们将 13 大功能注释数据库一网尽收,全面升级:

表 1 转录组测序的功能注释数据库

分析条目

数据库名称

Pathway功能分析

KEGG

GO功能分析

GO

蛋白互作分析

STRING

转录因子编码能力预测

人、动物AnimalTFDB,植物PlantTFDB

真菌致病基因预测

PHI-base

植物抗病基因预测

PRGDB

de novo组装质量评估

(仅适用于真核无参转录组测序)

BUSCO

Unigene功能注释和 CDS 预测

(仅适用于无参真核转录组测序)

NtNrSwiss-Prot PfamKOGGOKEGG

我们会定期持续新更数据库,始终保证您拿到的分析结果是最全、最新的!

1、KEGG数据库

这里特别要提Pathway分析使用的KEGG数据库,绝大多数的生物信息公司仍然沿用了几年前的免费旧版本。我们早在几年前就获得KEGG正式许可,是中国唯一一家KEGG授权的商业提供商!保障您拿到的结果是最安心可靠!

2、组装评价数据库

使用单拷贝直向同源数据库BUSCO对组装的转录本进行质量评估,通过与保守基因进行比较,在一定程度上说明转录组组装的完整性。

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图1 BUSCO组装评价结果

二、分析内容升级——特色分析5图与众不同,热点分析8项助发高分文章

1、5大特色关系网络图,发现基因间相互作用的脉络和核心基因

在功能注释分析上更直观,方便查看基因之间相互关系,聚集一起的基因可能有相似功能或互作关系。

2、8项共表达分析热点,分模块展示,透彻展现最深入共表达结果

共表达分析呈现更简约化,按单个模块查看,并和每个样品一一联系起来,还增加深入注释功能。

(1)共表达基因模块与样品相关性图,一张总图查看单个模块和单个样品的相关性

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(2)各个模块单独的共表达基因网络图,每个模块一张图

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(3)各个模块单独提供的GO和KEGG注释,每个模块一张图

为什么这次我们在共表达分析上增加很多,足有8项内容?共表达分析是如今非常火热的一项分析热点。恰好今年2月9日《Science》杂志就新发表了一篇文章[1]与我们不谋而合:对五种精神疾病进行转录组研究鉴定基因共表达模式。

对五种主要的精神障碍(孤独症、精神分裂症、躁郁症、抑郁症和酒精中毒)的转录模式进行综合分析,并通过比较病例和对照以发现共表达的基因模块,确定了这些精神疾病间的差异及共享基因表达模式。我们提供的分析和它类似,配图也美得可以登《Science》了,不信您往下看:WGCNA的基因模块(图A)和我们结题报告一样,模块与样品之间相关情况(图B、C和F),单个模块基因表达网络图(图D),GO功能注释(图E)等和我们结果非常相似。

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图11 《Science》新文章-五种精神障碍疾病共表达基因模块

三、结题报告展现更美——不仅美观,而且简单明了

1、SNP、可变剪接堆积图

分每个样品展示,每个类型按比例呈现,更加易懂易用。

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图5 SNP类型统计、差异可变剪接数目统计堆积图

2、表达量热图配色更美

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图6 差异表达基因的表达量热图

 

四、分析软件升级

1、真核无参转录组测序组装软件Trinity,升级最新版本。

2、真核有参转录组测序差异可变剪接基因检测软件rMATS,升级最新版本。

 

参考文献:

[1] Michael J. Gandal, Jillian R. Haney, et, al. Shared molecular neuropathology across major psychiatric disorders parallels polygenic overlap. Science, 09 Feb 2018: Vol. 359, Issue 6376, pp. 693-697. DOI: 10.1126/science.aad6469.


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