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多组学数据挖掘系统 Dr. Tom

2018年8月,华大自主研发的交互式数据挖掘系统Dr.Tom正式上线,迅速赢得老师们的青睐!时隔半年多,全新Dr Tom 2.0版本——多组学交互式数据挖掘系统正式上线!相比1.0版本只在mRNA上搞事情,2.0版本的内容更加丰富,更加酷炫,也更加实用!接下来就让科技君和大家一起先睹为快吧:


1、测一得“三”

相比于常规的mRNA转录组测序,全转录组阐释生物学问题更全面、更清晰。但是全转录组测序结果数据复杂,到底怎么分析?或者因为样品特殊,只测序了mRNA或者Small RNA,能否通过信息分析拉取出和已知结果有互作关系的其他类型RNA呢?没问题!这些Dr.Tom都可以帮您完成。



图1  选中目的基因,点击关联转换,即可根据互作关系或者位置关系查看所有与所选基因相关联的其他RNA,并可通过多种小工具,一键可视化互作关系。


2、多数据库联合分析,定向数据调取

除了常见的NCBI数据库之外,Dr.Tom 2.0还新增了TCGA、ARCHS4等多数据库联合分析,深度挖掘数据,拉取目的基因在肿瘤或常规组织中的表达情况,为后续分析方向提供更多可能。

 


图2 在任意基因表格中通过扩展列-外部数据库-在TCGA,ARCHS4数据库中调取感兴趣的方向,选取后即可在表格中看到基因在外部数据库中的表达情况。


3、告别查阅,一键读取基因&文献详情

挑选出目的基因,注释和功能是什么?和其他哪些基因有互作?GO、Pathway功能是什么?又有哪些文献支持?在Dr.Tom 2.0中,一键点击即可拉取所有信息。

  

图3  点击感兴趣的基因即可直接进入基因详情页,可以直接获取基因的注释链接,序列,表达情况,关联以及已经研究发表的文献列表,文献直接点击即可进入阅读界面。


图4  在基因互作图界面,直接点击两个基因之间的连接线,即可弹出支持互作关系的文献列表,一键点击即可进入阅读界面。


4、多维度数据展示,低分到高分思维转变

在高分文章中,多维度的图片展示已经成为不可或缺的一环,比如在常规热图中,经常出现需要展示某一类热图功能是什么。如果可以在同一张图中体现第三维度的绘图,就可直接展现同样表达量聚类的基因归属于何种功能。这一点,同样可以在Dr.Tom 2.0系统中轻松实现。



图5  多维度的作图在多个图表中都可以展示,图例在表达量聚类中,点击右上角的设置,即可添加多个内容作为纵向/横向分类,在常规的热图基础上,增加第三维度的分类信息,直接点击分类信息后左边的基因表格也会切换到对应内容。


5、自定义模块,更个性化的数据处理单

旧项目数据也想一起分析?没问题,可自定义上传同一参考基因组版本的其他定量数据,使用丰富的小工具模块自己分析。除此之外,还可以针对目的基因的特征,重新定义基因分类,更加个性化地整合单项目研究重点。



图6 用户根据系统上给出的表格格式,填写好基因信息,并一键上传,即可调用系统上多个小工具进行数据分析。



2019年5月,Dr.Tom 2.0正式上线,真核有参转录组测序、RNA-seq、Small RNA测序和LncRNA测序都可以使用此系统交付。

如果您想了解更多Dr.Tom相关内容和使用细节,还请联系当地销售经理免费体验或扫描二维码(左)报名试用。在后续使用过程中,可以联系华大的技术支持小伙伴(0755-36307094)或扫描二维码(右),登录华大技术支持知识库获取教程(PS. 知识库中还有超多NGS相关干货等您来学)。


左图,扫码报名试用;右图,扫码登录知识库



Dr.Tom 1.0版本回顾      

2018年8月,华大自主研发的交互式数据挖掘系统Dr.Tom正式上线,全新的数据循环挖掘模式、丰富的作图小工具和个性化极强的图表交互功能,使得转录组数据分析进入了新时代,也让越来越多零信息分析基础的生信小伙伴,迅速成为叱咤风云的数据处理大师。


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