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UMI Small RNA测序

产品简介

UMI Small RNA测序,文库构建时引入特异性分子标签(UMI),结合高通量测序,研究某物种某组织在特定时空状态下18-30 nt的small RNA片段序列信息,实现精准定量,通过与数据库比对, 可实现small RNA序列的鉴定、靶基因分析和功能分析, 以及包含miRNA、siRNA、piRNA等多种small RNA类型的分析研究需求等。主要应用在动植物生长发育调控研究、抗病抗逆调控研究、生物性状及突变调控研究等;在疾病研究方面,可研究疾病发生调控机制、寻找生物标记、靶向药物研究等。

 

技术优势

 

1.  实验方法升级,数据库更新,sRNA定量结果更可靠

建库引入UMI技术,实现无偏向的精确定量,矫正原有70%的reads定量偏差;采用权威miRBase数据库、KEGG数据库;

2.  实验技术经验丰富,低起始量成功率高,技术重复性高

已完成350多种不同物种的项目,常规样本单次建库只需100 ng,血清血浆样本只需2 ng;small RNA样本实现最低1 ng起始量;低起始量建库成功率达95%;建库、测序技术重复性高;

3.  多样的样品类型,满足多角度研究需求

接收除常规样品以外的血清、血浆样品、组织液样品、FFPE样品、外泌体、RIP富集RNA等多种类型;

4.  Dr. Tom系统交付,多种个性化分析任您选

采用Dr. Tom多组学数据挖掘系统,10大数据库注释,多维度结果图片展示,数据图表循环挖掘;

5.  无忧解决售后

可根据客户需求进行贴身个性化服务,为文章撰写提供技术服务。

 

研究内容

利用DNBSEQ平台,对富集到的18-30 nt的small RNA片段进行测序,对获得的有效数据进行序列长度分布统计,将筛选后的高质量序列分类注释,从而获得样品中包含的各组分及表达量信息,并对所有small RNA片段进行注释,对miRNA进行靶基因预测等分析。

 

 


 

 

标准信息分析

1. 数据产出统计,对原始信息采集数据去接头污染,去低质量reads

2. small RNA信息采集结果的长度分布

3. small RNA在选定的参考基因组上的分布

4. small RNA分类统计

5. miRNA定量分析

6. miRNA差异表达分析

7. miRNA表达/差异表达聚类分析

8. miRNA靶基因分析

9. 差异miRNA靶基因GO注释和KEGG通路分析

 

高级信息分析

一、数据库注释

1. 转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB)

2. GSEA分析

3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释

二、互作网络分析

1. 靶基因分析

① miRNA-mRNA靶向关系分析

② lncRNA-mRNA靶向关系分析

2. 蛋白互作网络分析

3. 共表达互作网络分析

三、特色分析

1. 外部数据库关联分析(TCGA、ARCHS4)

2. 关键驱动基因网络图分析

 

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