FFPE样本是指利用甲醛固定-石蜡包埋（formalin-fixed paraffin-embedded, FFPE）法处理的组织样本，在常温下可稳定储存数十年，是组织病理学分析的金标准。FFPE样本数量庞大，据估计已储存了5亿个FFPE癌组织，且这个数字还在迅速增加。同时FFPE样本包含了长期、详细的临床随访信息，如临床病程、治疗反应、复发和存活情况等。随时可得的大量样本和详尽信息为研究疾病的分子机制、检测潜在的生物标志物及发现新的生物标志物等提供了宝贵的资源。
基于FFPE样本开展差异蛋白质组学研究，可以充分利用罕见疾病或肿瘤等样本，发现与疾病诊断、分型、预后及治疗密切相关的标志物。目前已经有黑色素瘤、恶性外周神经鞘膜瘤、卵巢癌、膀胱癌、尿道癌等疾病采用FFPE样本进行了研究。
FFPE样本蛋白质组定量分析针对FFPE样本提取全蛋白，利用DIA技术对其蛋白质组进行定性和定量分析，从而达到研究生物体内蛋白质组动态变化与机体表型改变之间关系的目的。
产品优势
产品应用
罕见疾病
稀有癌症
跟踪多年的特定疾病变化
药物靶标筛选
药物机理
技术路线
图1 FFPE样本蛋白定量技术流程
信息分析
信息分析条款 | 信息分析内容 |
标准信息分析 | 1 标准信息分析内容 1.1 数据产出统计 1.2 数据质控（组内变异系数、主成分分析以及样本定量相关性） 1.3 蛋白质鉴定和定量结果 1.4 蛋白质GO分析 1.5 蛋白质COG/KOG/eggNOG分析 1.6 蛋白质Pathway代谢通路分析 1.7 差异蛋白的GO富集分析 1.8 差异蛋白COG/KOG/eggNOG富集分析 1.9 差异蛋白的Pathway富集分析 1.10 重复性分析（仅针对设计了重复的实验） 1.11多样品间表达模式聚类（三个或三个以上样品可提供） 1.12 时间序列分析 1.13 差异表达蛋白互作分析 1.14 差异表达蛋白亚细胞定位 1.15 蛋白信号调控分析（针对人和小鼠） 配体-受体调控分析，激酶-底物调控分析，转录因子-靶蛋白调控，蛋白信号调控分析 |
