T/B细胞是适应性免疫系统的两大细胞群,细胞表面受体TCR/BCR存在一块区域叫互补决定区(Complementary Determining Region, CDR),包含CDR1、CDR2、CDR3,其中CDR3最高变,在抗原识别中起关键作用。华大的免疫组库测序是通过多重PCR和高通量测序技术,分析编码CDR3区的DNA/RNA序列,获得机体的免疫特征。
图1 免疫组库图解
产品优势
一站式服务:提供从CDR3的扩增、建库、测序、后续信息分析以及数据挖掘一系列全方位的服务;
有针对性的研究方法:针对CDR3的V区及J区两端设计引物,目的扩增CDR3区域;
扩增偏好性低:采用两步法建库,并优化引物配比,将扩增偏好性降低约70%;
可重复性高:同一样本建库两次克隆一致性高;
图2 同一样本实验重复性评估(Hiseq)
更丰富的分析结果:新增多种结果统计图表;新增V/J基因频率分布统计、多样品聚类分析、共性分析、差异分析;新增四种多样性评估指标;
更友好的xbio结题报告展现形式:全新升级的结题报告界面友好,对分析方法及结果解释详尽,图表按照发表文章要求展示,让您一目了然;
更真实的克隆定量信息:将低质量reads与高质量克隆进行比对,挽回重要数据,让克隆定量信息不丢失;
更强的纠错能力和错配处理能力:利用多层聚类方法,纠正PCR和测序引入的错误;错配处理能力提升,更适合分析BCR的高突变区域。
产品应用
服务内容
目的链 | 目标区域 | 样品类型 | 扩增方法 | 测序策略 |
TCRα 或 TCRβ | CDR3 | DNA 或 RNA | M-PCR (VJ) | PE150 |
BCRH 或 BCRL | CDR3 | DNA 或 RNA | M-PCR (VJ) | PE150 |
BCRH (鉴定抗体亚型) | CDR3 | RNA | M-PCR (VC) | PE150 |
信息分析内容
1、基本数据统计
数据过滤,对原始数据进行去除接头污染及低质量reads的处理
数据搭建,数据拼接,消除测序背景及有效数据构建
数据统计,数据产出统计及测序数据的成分和质量评估
2、数据比对分析
比对分析,与数据库V/D/J基因片段比对
比对结果统计
3、克隆序列特征注释
CDR3区核酸序列和氨基酸序列
鉴定无效序列(包含终止密码子,超出结构范围)
鉴定单碱基突变(替换、删除、插入)(for BCR)
4、单样品克隆群体特征分析
CDR3序列长度分布
V/J基因频率分布
V-J基因组合频率分布(3D, Circos)
克隆群体结构分析(频率分布,D50曲线,甜甜圈图)
5、样品间比较分析
测序饱和度分析
克隆多样性分析(辛普森系数、香农威纳系数等)
样品间共有克隆分析
聚类分析(层次聚类,MDS聚类)
组间差异分析