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免疫组库测序

        T/B细胞是适应性免疫系统的两大细胞群,细胞表面受体TCR/BCR存在一块区域叫互补决定区(Complementary Determining Region, CDR),包含CDR1、CDR2、CDR3,其中CDR3最高变,在抗原识别中起关键作用。华大的免疫组库测序是通过多重PCR和高通量测序技术,分析编码CDR3区的DNA/RNA序列,获得机体的免疫特征。

 

免疫组库图示
图1 免疫组库图解

 

产品优势

一站式服务:提供从CDR3的扩增、建库、测序、后续信息分析以及数据挖掘一系列全方位的服务;

有针对性的研究方法:针对CDR3的V区及J区两端设计引物,目的扩增CDR3区域;

扩增偏好性低:采用两步法建库,并优化引物配比,将扩增偏好性降低约70%;

可重复性高:同一样本建库两次克隆一致性高;

重复性
图2  同一样本实验重复性评估(Hiseq)

更丰富的分析结果:新增多种结果统计图表;新增V/J基因频率分布统计、多样品聚类分析、共性分析、差异分析;新增四种多样性评估指标;

更友好的xbio结题报告展现形式:全新升级的结题报告界面友好,对分析方法及结果解释详尽,图表按照发表文章要求展示,让您一目了然;

更真实的克隆定量信息:将低质量reads与高质量克隆进行比对,挽回重要数据,让克隆定量信息不丢失;

更强的纠错能力和错配处理能力:利用多层聚类方法,纠正PCR和测序引入的错误;错配处理能力提升,更适合分析BCR的高突变区域。

 

 产品应用

 

 免疫组库应用2

 

服务内容

 

目的链

目标区域

样品类型

扩增方法

测序策略

TCRα 或 TCRβ

CDR3

DNA 或 RNA

M-PCR (VJ)

PE150

BCRH 或 BCRL

CDR3

DNA 或 RNA

M-PCR (VJ)

PE150

BCRH (鉴定抗体亚型)

CDR3

RNA

M-PCR (VC)

PE150

 

信息分析内容

1、基本数据统计


     数据过滤,对原始数据进行去除接头污染及低质量reads的处理

     数据搭建,数据拼接,消除测序背景及有效数据构建

     数据统计,数据产出统计及测序数据的成分和质量评估

2、数据比对分析

     比对分析,与数据库V/D/J基因片段比对

     比对结果统计

3、克隆序列特征注释

    CDR3区核酸序列和氨基酸序列

    鉴定无效序列(包含终止密码子,超出结构范围)

    鉴定单碱基突变(替换、删除、插入)(for BCR)

4、单样品克隆群体特征分析

    CDR3序列长度分布

    V/J基因频率分布

    V-J基因组合频率分布(3D, Circos)

   克隆群体结构分析(频率分布,D50曲线,甜甜圈图)

5、样品间比较分析


    测序饱和度分析

    克隆多样性分析(辛普森系数、香农威纳系数等)

    样品间共有克隆分析

    聚类分析(层次聚类,MDS聚类)

    组间差异分析

 

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