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ChIP-seq

产品简介

染色质免疫共沉淀(ChIP)是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关领域。随着新一代测序技术的发展和成熟,染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP Sequencing ),可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,同时也为研究的深入开展打下基础。

采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,再通过高通量测序与数据分析,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,并且可以基于多个样品进行差异比较。

 

技术流程

 

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技术优势

 

数据利用率高:SE50最优读长,无数据浪费

低起始量:DNBSEQ平台最低起始量仅需5 ng,5 ng以下亦可做定制化

交付周期短:30个工作日交付结果(不包括 ChIP 实验),DNBSEQ平台最快交付周期仅需20个工作日

解决方案咨询:根据客户实际情况提供相关解决方案

性价比高:基于抗体富集目标区域,有效降低测序数据量

测序范围广:全基因组范围内的DNA与蛋白相互作用进行测序分析

关联分析:可定制ChIP-seq与RNA-seq差异表达基因(DEGs)关联分析

 

信息分析

 

表1 标准信息分析内容

信息分析条款信息分析内容
标准信息分析
  1. 数据基本处理与质控
  2. 基因组测序深度累积分布
  3. Peak扫描
  4. Peak长度分布
  5. Peak深度分布
  6. Peak在基因功能元件上的分布
  7. Peak相关基因分析
  8. Peak相关基因的GO功能显著性富集分析
  9. Peak相关基因的Pathway功能显著性富集分析
  10. 鉴定样品间差异Peak
  11. 样品间差异peak在基因功能元件的分布
  12. 样品间差异peak相关基因
  13. 样品间差异peak相关基因的GO和KEGG富集分析
  14. Motif分析
定制化信息分析可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容

 

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