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产品服务

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RNA-seq

        RNA-seq,对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序,可以提供定量分析,检测基因表达水平差异。


技术优势

 

数字化信号:测序直接获得序列,无背景噪音,无交叉杂交;可鉴别序列间单个碱基的差异;

高通量:一次测序得到千万条以上的序列;

检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;

良好的重复性:深度测序保证了抽样随机性,重复性非常好,无需重复实验;

高灵活性 :依据客户需求,提供不同测序平台服务。

 

产品应用

医学上的应用方向

 

图片6

 

农学上的应用方向 

 

图片7

 

研究内容

标准信息分析:

1. 基本数据统计:

① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息,② 样品相关性,③ 表达量分布,④ RNA分类;
 

2. 参考基因组比对;

3. mRNA鉴定;

4. mRNA定量分析;

5. mRNA差异表达分析(样本间、组间);

6. mRNA表达/差异基因聚类;

7. mRNA差异基因GO分类、富集;

8. mRNA差异基因KEGG分类、富集。


 

Dr. Tom信息分析:
 

一)数据库注释

1. 转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB);

2. GSEA分析;

3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释;

二)互作网络分析

1. 靶基因分析① miRNA-mRNA靶向关系分析,② lncRNA-mRNA靶向关系分析;

2. ceRNA互作网络分析;

3. 蛋白互作网络分析;

4. 共表达互作网络分析;

三)特色分析

1. 自定义标签和自有数据上传;

2. 外部数据库信息(TCGA、ARCHS4);

3. 关键驱动基因网络图分析;

4. 时间序列分析。

 

(*以上分析内容为部分物种可做。)


 

定制化信息分析:

可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。 

 

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