产品服务

产品简介

动植物de novo测序即动植物从头测序，指不需要任何参考序列信息即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动植物的全基因组序列，带动这个物种下游一系列研究的开展，从而推进该物种的研究。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台，为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。

产品优势

• 领先专业能力，提供全方位服务：依托专业的技术平台，实验和生信分析能力，提供 T2T 基因组、泛基因组以及种质资源数字化一站式解决方案；
• 强大提取能力，高质量测序结果：提取经验丰富，从样本提取、建库到测序，严格质控，层层把关；
• 高水平组装质量，分析结果可靠：超过6,000次de novo组装经验，已完成1,200多个重要物种的基因组构建专业分析流程确保组装结果的准确性和可靠性；
• 标杆级别文章成果，项目经验丰富：合作发表顶级期刊文章500余篇，其中封面文章34篇，成果卓越。

产品应用

• 获得物种的参考序列
• 研究物种起源与进化历史
• 挖掘功能基因
• 搭建物种数据库

研究内容

• 基因组Survey:

1. 通过多个Kmer 估计基因组大小和基因组杂合率，重复水平（软件 Jellyfish+ genomeScope）

• 基因组组装：

1. 数据纠错
2. 组装
3. 组装结果长读长纠错
4. 组装结果短读长纠错
5. BUSCO评价

• Hi-C 辅助组装：

1. 文库评估
2. Hi-C分析
3. 手工矫正，获得染色体
4. 近缘物种比较，染色体定名（提供近源物种信息）

• 基因组注释:

1. repeat 注释
2. 基因结构注释（建议提供同源物种5-6个以及转录组数据）
3. 基因功能注释

• 进化分析:

提供已发表物种和近缘物种（选择10个物种以内）

1. 基因家族聚类；
2. 共有特有基因家族分析;
3. 物种系统进化分析;
4. 物种分歧时间分析；
5. 基因家族扩张收缩分析；
6. 共线性分析。

• 定制化信息分析

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。