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产品服务

Sequencing services

真菌重测序

产品概述

       基因组重测序是对已知的基因组进行测序,并对个体或者群体样品进行分析。真菌重测序可以辅助研究者发现真菌单核苷酸多态性位点(SNPs)、插入(Insertion)、缺失(Deletion)等变异类型,以最廉价的方式将单个参考基因组信息扩增为生物群体的遗传特征。通过双末端(Paired-End)测序,检测基因序列间的位点差异和结构变异,在全基因组水平上解释导致性状差异的原因。

 

产品优势

高性价比:低价获得50× coverage 的全基因组数据

优质服务:丰富的项目经验,提供全面准确的基因组解析结果

 

产品应用

病原真菌致病因子分析

食用/药用真菌功能基因挖掘

群体进化研究


案例一:基因组+转录组研究稻瘟病菌98-06新的致病元件,揭示基因组进化的动态过程

Global Genome and Transcriptome Analyses of Magnaporthe oryzae Epidemic Isolate 98-06 Uncover Novel Effectors and Pathogenicity-Related Genes, Revealing Gene Gain and Lose Dynamics in Genome Evolution. (PLoS Pathog. 2015)

       通过基因组和转录组对水稻敏感病原稻瘟病菌98-06进行研究,发现与参考菌株70-15相比,该菌株有1.4Mb的特异性基因序列。全基因组表达谱测序发现134个效应因子,其中两个效应因子Iug6和Iug9以及一个新的致病性相关基因产物Iug18是主要功能相关因子。研究发现Iug6和Iug9存在于BIC(biotrophic interfacial complex),这两个基因的过量表达会抑制水稻相关抗性基因表达。该研究在一定程度上支持了“孤立基因是病原基因多样性来源”的假设,同时也为更深入的研究稻瘟病菌的效应因子和致病基因变异提供依据。

真菌重测序案例1-图1 

图1. 98-06和70-15基因组比较

 真菌重测序案例1-图2

图2. 稻瘟病菌感染后不同时间水稻不同信号通路基因表达谱

真菌重测序案例1-图3

图3. RNA-seq检测不同稻瘟病菌致病基因及元件表达情况

 

案例二:高杂合、高重复的小麦条绣真菌基因组研究

High genome heterozygosity and endemic genetic recombination in the wheat stripe rust fungus.( Nat Commun. 2013 )

      小麦条锈病是一种危害严重的农作物疾病,本研究选择小麦条锈病的病原菌小麦条锈菌Pst(Puccinia striiformis f. sp. tritici) isolate CY32进行测序,通过”fosmid-to-fosmid”测序组装得到110Mb的基因图谱,并对其物种进化和致病机理进行研究。研究发现Pst是高度杂合基因组,包含25,288个蛋白编码基因。与条件致病菌相比,Pst具有更多的基因元件,编码更多的分泌蛋白。对6株来自不同地区的菌株进行重测序结果发现Pst具有较高的基因多样性,在基因编码区发现约35%的SNPs,其中有一半为非同义突变。该研究采用 ”fosmid-to-fosmid” 策略得到了较好的双核基因组组装结果,并对病原菌物种进化及致病机理研究提供重要的依据。

真菌重测序案例2-图1

图1. Pst基因组杂合区域通过对Pst-CY32 Illumina测序组装结果与Sanger测序结果进行校正,发现杂合区域;将重测序结果与Pst-CY32参考基因组比对,检测SNP和SNV变异

真菌重测序案例2-图2

图2. 7株Pst菌株相互关系分析a, 根据不同菌株毒力大小对17个菌株,7个隔离群进行热图分析;b, 根据SNP分析结果分析7个菌群间的进化关系




DNA样本

样本类型

总量

浓度

完整性(胶图)

纯度

基因组DNA

800bp 文库

1μg

12.5ng/μl

主峰>20Kb

无蛋白,RNA/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

≤800bp PCR free 文库

10μg

30ng/μl

主峰>20Kb





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