logo

logo

产品服务

Sequencing services

  • 首页长链非编码 RNA 测序

长链非编码 RNA 测序

      LncRNA高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法,对长链非编码 RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)所有大RNA转录本数据信息,可应用于细胞分化和发育的研究、调控机理的研究、疾病标志物的寻找、疾病的分子诊断、基因药物的研发等。                                                                                                                             图片1


产品优势

   丰富的项目经验

华大首推lncRNA产品,已完成10000+样品;

   精湛的技术工艺

样品起始量低至200ng,且可承接人、鼠、动植物样品、FFPE样品;

   软件更新,分析结果值得信赖

新增编码能力预测软件(CNCI)和数据库(Pfam),多种预测方法取交并集,结果更加可靠;

   数据库升级,紧跟科研前沿最新信息

采用NOCODE、KEGG数据库最新版本,新增GREENC 植物lncRNA数据库(包含38种植物和7种藻类lncRNA数据);

数据深入挖掘,一次测序即可获得mRNA和lncRNA、circRNA及关联数据分析结果

包含mRNA定量&注释&功能结构分析,lncRNA靶基因及功能分析,circRNA预测及功能分析, 以及lncRNA-mRNA互作结果可视化,可直接用于文章撰写;

   结果展现清晰,让您省时省力省心

   mRNA &lncRNA 已知及未知部分定量结果分别统计

   mRNA &lncRNA表达差异分析:样本间/组间分别统计

   mRNA &lncRNA表达聚类及差异聚类分别统计

   lncRNA功能注释结果集合,方便结果查阅

   无忧解决售后:

据客户需求进行贴身个性化服务,为文章撰写提供技术服务。

   严格的质量管理

实验全程采用全方位质控体系,应用质量管理体系金标准。

   贴心的售后支持

7*24小时全天候技术支持,第一时间响应客户需求。

产品应用

    细胞分化和发育调控机理的研究

    疾病标志物的寻找

   疾病的分子诊断

   基因药物的研发

信息分析内容

 标准信息分析

(1) 基本数据统计:

① 去除接头序列、低质量序列得到clean data

② 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA数据

(2) lncRNA & mRNA鉴定

① 转录本组装

② 鉴定已知转录本(包括已知lncRNA,mRNA)

③ 预测新转录本(包括新的lncRNA,mRNA)

(3) lncRNA & mRNA定量分析

① 已知和新的lncRNA & mRNA定量分析

② 样本间差异分析(至少2个样本)

③ 组间差异分析(至少2组样本,每组至少3个生物学重复)

④ lncRNA & mRNA 表达/差异表达聚类分析

⑤ lncRNA & mRNA 表达时间序列分析(至少需要3个时间点的样本,或者3种不同

处理方式的样本)

(4) lncRNA功能预测

① lncRNA靶基因预测

② miRNA前体预测

③ lncRNA家族预测

(5) mRNA功能注释

① 数据库注释

② 差异表达mRNA的GO和Pathway富集分析

(6) mRNA结构分析

① 可变剪切分析

② SNP/Indel分析

   高级分析

(1) lncRNA靶基因GO和Pathway富集分析

(2) lncRNA及靶基因互作网络分析


华大lncRNA biomarker研究——鉴定细胞遗传学正常的急性骨髓白血病有效biomarker

                                                                                           Haematologica. 2017 Oct;102(10):1718-1726.

研究目的:寻找细胞遗传学正常的急性骨髓白血病鉴定有效biomarker

研究样本:40例细胞遗传学正常的急性髓样白血病患者样本测序;134个样本进行验证

研究技术:去核糖体、链特异性建库测序

研究结果:对11036个lncRNA进行定量,其中大于8000个为新lncRNA。通过聚类方法分析(Using unsupervised analysis),发现一个突变基因NPM1表达的特殊lncRNA. 且通过数据统计分析发现有突变NPM1基因患者和无突变的对照组表达差异的12个lncRNA,并通过Qrt-PCR对135个独立患者进行定量验证。另外,鉴定到NPM1基因突变患者中一个显著低表达biomarker- XLOC_109948。 

研究思路:

                            F1


详细结果:

1、使用分层聚类无监督分析手段,对11036个lncRNA进行分类研究,主要可分为两大类(见图1);在小群体(40例)和大群体(134例)中都有显著分类情况,说明NPM1突变的病人lncRNA表达差异显著。

                                        案例图1

2、为缩小鉴定特异性lncRNA范围,使用Sparse PLS-DA方法,对31个显著差异表达的lncRNA进一步分析,鉴定12个lncRNA可用于区分NPM1突变病人和非突变病人。在40例和134例患者中都可进行区分(见图2)。

                                      案例图2

3、为进一步寻找可靠biomarker,使用ROC生存曲线方法对每一种lncRNA进行验证,发现只有XLOC_005798和XLOC_109948在40例样本中可作为较好的biomarker,能够通过总生存数和无病生存率数据直接进行区分。在134个样本中进行验证,验证发现XLOC_109948能够有效区分。低表达XLOC_109948的病人有较高存活率,高表达则较低存活率(见图3B)。

                                   案例图片3




图片11图片22图片33图片44



表1  lncRNA组织样品送样建议

组织类型

具体要求

新鲜培养细胞(细胞数)

≥2×105 cell

新鲜动物组织干重

≥30 mg

全血

≥1 mL 全血收集的淋巴细胞

≥1 mL Paxgene Blood RNA tube / RNAprotect® Animal Blood Tubes收集的全血

菌体(细胞数或干重)

≥2×10cell or ≥30 mg

FFPE

≥5片,未染色,100 mm2,5-10 μm厚度


表2  lncRNA测序样品判定标准

样本类型

总量

浓度

RIN

28S/18S

基线和 5S

纯度

Total RNA
(Animals)

≥1 μg

≥40 ng/μL

RIN≥7.0

28S/18S≥1.0

基线平整,5S 峰正常

无 DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

Total RNA
(Fungi)

≥1 μg

≥40 ng/μL

RIN≥6.5

28S/18S≥1.0

Total RNA
(human/Rat)

≥200ng

≥20 ng/μL

RIN≥7.0

23S/16S≥1.0

FFPE RNA

≥1 μg

≥70 ng/μL

RIN≥2.0

DV200≥30%

Total RNA (Insect)

≥1 μg≥40 ng/μLNA



Q1:什么是长链非编码RNA?以及它们的作用?

哺乳动物基因组序列的约5%~10%被稳定转录,蛋白质编码基因仅约占1%,其余4%~9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA(non-coding RNA) 是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%~9%中长度大于200nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面:第一,影响周边基因的表达;第二,调控蛋白质活动及定位;第三,产生小分子RNA;第四,对其他RNA的调控作用[1]。

Q2:长链非编码RNA的建库方案是什么?

长非编码RNA建库主要采用ribozero kit 去除rRNA,建链特异性文库,目前建库比较稳定。适用于人、鼠、动植物等物种。

Q3:长链非编码RNA主要签约风险有哪些?

rRNA去除效率不稳定,rRNA比例可能较高;只去除rRNA较适用于有良好参考基因组的项目,后续可以通过比对区分编码和非编码序列。

Q4:在信息分析中主要运用到的软件有哪些?

Tophat和Cufflinks(构建转录本),Infernal(家族分类),CPC(对转录本编码能力进行预测),Blast(比对),SOAP(过滤实验中未去除干净的rRNA,及lncRNA表达定量比对)。

Q5:长链非编码RNA建库测序结果可以用于分析环状RNA吗?

可以,长链非编码RNA建库模式采用去核糖体方式建库,对所获得的RNA进行打断测序,相当于获得全部RNA,即可以进行分析环状RNA表达情况,可应用于分析各物种环状RNA表达谱。

Q6:LncRNA测序数据中mRNA的定量效果如何?

人标品:已知mRNA定量与qPCR定量斯皮尔曼系数达到0.85。


深圳华大科技(总部)

电话:400-706-6615
邮箱:info@genomics.cn