产品服务

产品介绍

时空转录组FFPEStereo-seq FFPE（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded，福尔马林固定石蜡包埋样本）产品服务，是一项基于Sereo-seq技术的高精度空间定位转录组测序服务解决方案。该服务利用“随机探针”对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获，结合DNBSEQ™高通量测序平台，通过带有空间条形码（Coordinate lD, CID）的cDNA进行测序和分析，精准地将每个转录本映射回其在组织中的原始空间位置，实现全物种全转录组空间表达图谱的构建，助力临床科研深入理解疾病的发生与发展机制。

此项技术的核心优势在于其纳米级分辨率与厘米级全景视场的独特结合，能够在组织、细胞、亚细胞及分子四个尺度上，同步进行空间转录组解析。不仅实现了对基因表达空间模式的高清描绘，更为深入探究细胞基因表达、形态特征与其所处局部微环境之间的复杂相互作用，奠定了强大而精确的研究基础

产品优势

• 编码及非编码RNA共捕获：基于随机探针的技术原理, 可同时实现mRNA和non-coding RNA的原位捕获；
• 宿主和微生物共检测：可同时捕获微生物及其宿主的空间表达信息，进而探究宿主与微生物的互作关系；
• 超高分辨率空间单细胞分析：检测分辨率达到500 nm，可实现空间单细胞水平分析；
• 无物种限制：不仅可以应用于人和小鼠，也可对其他物种样本进行时空组学信息挖掘。

实验流程

1. 样品制备: 对FFPE石蜡包埋块或蜡卷, 进行切片及RNA完整度评估后，再次进行FFPE石蜡块切片，并将切片贴到时空芯片上；如果客户提供FFPE蜡卷，进行RNA完整度评估和形态染色质检后，再将合格的样品贴在时空芯片上；1.

2. 透化反转录组：将组织进行固定和渗透。时空芯片上布置有空间捕获探针，能与组织细胞释放的RNA分子结合, 从而在芯片上抓取目标样本组织细胞的RNA分子，并合成cDNA；

3. 文库制备及测序: cDNA合成后构建测序文库，用华大自主研发的国产化超高通量的测序仪完成测序；

4. 数据分析：针对下机数据进行质控，并完成全套分析，最终得到目标样本组织细胞在空间位置上表达的基因信息。

项目执行周期

4个样品标准流程（建库，测序和SAW分析）的正常周期约为25个工作日；但由于前期样品处理（切片、染色）步骤需反复沟通该周期不会记入项目执行周期。

测序建议

• 测序平台：DNBSEQ平台
• 测序读长：PE75
• 数据量推荐：正式实验执行样品建议交付数据：2.5-3G clean reads （1 cm x 1 cm 时空转录组FFPE芯片）；测序数据质量：Q30>80%。